耕三寺（こうさんじ）は、耕三寺耕三が建立した浄土真宗本願寺派の寺院です。亡くなった母への報恩と感謝の想いを込めて自らが僧籍に入って建立したもので、その成り立ちから、すべての母親に感謝を伝える「母の寺」として親しまれています。
造営を発願したのは昭和10（1935年）、その後長い年月をかけて廻廊や御本堂、僧宝蔵などさまざまな増築を繰り返し、昭和28（1953）年には耕三寺博物館が開館しました。
耕三寺は檀家を持たない寺院のため、寺全体を博物館施設として公開し、入館料による運営を行っています。耕三寺博物館のコレクションは、耕三が母の別荘を飾るために集めた調度品や、博物館開館を見越して蒐集した仏像や絵画です。快慶作の「宝冠阿弥陀如来坐像」、「唐花鴛鴦八稜鏡」、「佐竹本三十六歌仙　紀貫之」など、重要文化財や重要美術品に指定されているものも多くあります。また、15の堂塔も国の登録有形文化財になっています。
耕三寺は生口島にあるため、アクセスは、新戸田港から徒歩10分、沢港から徒歩13分、車で2分です。しまなみ海道を利用する場合は、山陽本線尾道駅からおのみちバス瀬戸田線1時間14分、タクシーで40分です。